Đảng ủy Khối Doanh nghiệp tỉnh Khánh Hòa là đơn vị trực thuộc Tỉnh ủy được thành lập theo Quyết định số 1267-QĐ/TU, ngày 30/5/1995 của Ban Thường vụ Tỉnh ủy gồm: Văn phòng, Ban Tổ chức, Ban Tuyên giáo, Ủy ban Kiểm tra. Đảng ủy Khối không có chính quyền và Công đoàn cùng cấp.

          Ngày 19/3/2018, Ban Thường vụ Tỉnh ủy ban hành Quyết định số 633-QĐ/TU chuyển giao Đoàn Khối doanh nghiệp tỉnh cùng 55 tổ chức Đoàn cơ sở và 02 biên chế từ Tỉnh Đoàn về Đảng ủy Khối Doanh nghiệp tỉnh ngày 01/4/2018.

          Đảng ủy Khối Doanh nghiệp hiện có 81 tổ chức cơ sở đảng trực thuộc với 3.918 đảng viên. Trong đó, có 21 tổ chức Đảng trong doanh nghiệp Nhà nước; 53 tổ chức Đảng trong doanh nghiệp tư nhân; 04 tổ chức Đảng trong doanh nghiệp có vốn nước ngoài; 02 tổ chức đảng đặc thù hoạt động theo Quy định số 12-QĐ/TU, ngày 03/02/2012 của Ban Thường vụ Tỉnh ủy; 01 tổ chức Đảng cơ quan Đảng ủy Khối.